幕府末期，日本陷入动荡。绯村剑心因剑术高超，被冠以刽子手拔刀斋之名，效力于长州藩倒幕部队首领桂小五郎的手下。一天，剑心救下一位名为雪代巴的年轻女子，却被其目睹了杀人行径，他只好将她带到长州藩众人的落脚处。不久后，长州藩武士因池田屋事件引兵上京，随后于禁门之变中战败。剑心与巴以夫妻名义隐居乡间，他第一次感受到了内心的安定。然而，巴的突然失踪打破了这份平静，剑心脸上的十字伤之谜也终于被揭开。