紧接上一部，传奇剑客绯村剑心(佐藤健 饰)终于和继承了他刽子手悲剧命运的志志雄真实(藤原龙也 饰)展开宿命对决。暴雨狂澜笼罩下的西洋舰炼狱上，紧随剑心脚步而来的神谷薫(武井咲 饰)被推落漆黑的大海。为了营救心爱之人，剑心不顾一切跳入海中。　　恍惚之间，剑心看到了自己悲剧的童年，以及和师父比古清十郎(福山雅治 饰)最初的相遇。当从昏迷中醒来后，他得知自己随着波涛漂流到一座孤岛之上，恰巧被师父搭救。亲身体验到志志雄强大而可怕的实力，怀着一腔悲痛的剑心请求师父传授飞天御剑流最高奥义剑法。在经受了加诸身心的巨大考验和洗礼后，剑心踏上前往东京的旅途，期间率先遭到当年曾在江户无血开城事件中起着至关重要作用的密探首领四乃森苍紫(伊势谷友介 饰)的阻击。　　另一方面，志志雄的魔爪终于伸到东京。当他得知剑心可能生还之际，遂胁迫伊藤博文(小泽征悦 饰)对这个难缠的对手发出通缉令。曾经为明治维新的胜利立下汗马功劳的刽子手拔刀斋，此时此刻面临着暗杀罪的指控。当剑心历经艰辛回到东京，等待着他的却是被捕甚至斩首的命运。　　炼狱之上的决战即将到来，剑心、相乐左之助(青木崇高 饰)、斋藤一(江口洋介 饰)、京都御庭番众和以濑田宗次郎(神木隆之介 饰)为首的十本刀展开连番激烈而精彩的对决。这群从旧时代走到新时代的人们，各自心头留下了难以磨灭的烙印。而今怀着不同信念的他们，赌上了全日本的命运，善恶修罗场的较量终于被推向了顶点！