南宋年间,通古县前任县令为了一己私利,利用河神为幌子暗中掳掠儿童,百姓惶惶不安,在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀河神可以平息灾祸。宋慈受命来到通古,向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈,并保证一定会查出事情真相,他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下,其党羽对宋慈阳奉阴违,并暗中施以压迫,企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时,孩童还在不断失踪,这使得老百姓对宋慈失去了信任,逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力,抽丝剥茧地调查,利用自己高超的法医学手段让尸体开口说话,逐渐锁定了真凶,并发现了背后的巨大阴谋。最终,宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。