U. C.0097时期，拉普拉斯事变的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党袖章也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机凤凰突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......